Információ

Különbség a modulok között a KEGG modulban

Különbség a modulok között a KEGG modulban


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Az M00115 KEGG modul egy sor reakciót tartalmaz, míg az M00542 nem rendelkezik; csak az enzimek listáját mutatja. Még mindig ismeretlen az M00542 reakcióbeállítása?


Modul a KEGG modul oldalon meghatározott funkcionális egységet jelent. Tehát bármi lehet, az enzimcsoportoktól a géneken át a metabolitokig. Az Önt érintő kettőről:

  • Útvonal modulok funkcionálisan rokon enzimek csoportjait képviselik a metabolikus hálózat részeként. Azt hiszem, ez könnyen érthető, mert a "modul" klasszikus értelmezését képviseli. A modulok metabolitokat tartalmaznak ("C"-vel kezdődő id-vel rendelkező vegyületek), enzimeket (amelyeket "K"-vel kezdődő KEGG ortológ azonosítók képviselnek) és reakciókat (amit "R"-vel kezdődő id-k képviselnek). A reakciók integrálják a vegyületeket és az enzimeket egy adott lépésben a modulban szereplő reakcióláncban.

  • Aláírási modulok egy adott fenotípushoz kapcsolódó molekulákat képviselnek. A KEGG oldalon felsorolt ​​példa különösen az EHEC patogenitási jelére, a Shiga toxinra mutat. Az M00363 modulban található két molekula a fenotípushoz kapcsolódik, ami ebben az esetben EHEC patogenitás. De elvileg nem feltétlenül kell egymáshoz kapcsolódniuk (jelen esetben igen, de nem ugyanabban az értelemben, mint a metabolikus modul).

Az Ön konkrét példáiban az M00115 ismét egy útvonalmodul, amely enzimeket, vegyületeket és reakciókat tartalmaz, amelyek mindegyike integrált módon kapcsolódik. Az M00542 modul viszont a T3SS (Type 3 szekréciós rendszer) fehérje részét mutatja, amelyet a Gram-negatív baktériumok fertőzésre használnak. Ezek nem enzimatikus reakciók, csak az EHEC/EPEC patogenitási fenotípushoz kapcsolódó fehérjék. Mindazonáltal rokonságban állnak egymással, mivel fehérjekölcsönhatási komplexumot alkotnak, amely fertőzést közvetít.

Egyéb Modul kategóriák a következők:

  • Szerkezeti komplexumok molekuláris gépezetekkel kapcsolatos.
  • Funkcionális készletek vegyes kategóriának tűnik.

Érvelhetnénk, hogy a T3SS egy molekuláris gép, és be kell sorolni a Szerkezeti komplexumok kategória. Valójában valami fontos, amit meg kell jegyeznünk, amint az a KEGG modul oldalán olvasható:

A KEGG MODULE manuálisan meghatározott funkcionális egységek gyűjteménye […]

Mint minden kézzel definiált dolog, van bizonyos fokú önkényesség. Használja a KEGG modulokban található információkat, amennyire az Ön igényeit szolgálja, de jobb, ha nem kőbe vésettnek tekinti.


Az M00115 egy útvonalmodul (NAD bioszintézis), míg az M00542 egy aláírási modul (EHEC/EPEC patogenitási aláírás).

A KEGG modulokról szóló oldaláról:

  • útvonal modulok - szűk funkcionális egységeket ábrázol a KEGG anyagcsereútvonal-térképeken, mint például az M00002 (glikolízis, három szénatomos vegyületeket tartalmazó magmodul)

  • aláírási modulok - fenotípusok markereiként, mint például az M00363 (EHEC patogenitási aláírás, Shiga toxin)


Modularitás

Nagyjából, modularitás a rendszer összetevőinek elválasztásának és újrakombinációjának mértéke, gyakran a rugalmasság és a változatos használat javára. [1] A modularitás fogalmát elsősorban a komplexitás csökkentésére használják azáltal, hogy a rendszert különböző fokú kölcsönös függőségre és függetlenségre bontják, és "az egyes részek összetettségét egy absztrakció és interfész mögé rejtik". [2] A modularitás fogalma azonban több tudományterületre is kiterjeszthető, mindegyiknek megvan a maga árnyalata. Ezen árnyalatok ellenére a moduláris rendszerekkel kapcsolatban következetes témák azonosíthatók. [3]


A csatornakivezetések típusai (kialakítással és diagrammal)

A csatornakivezetések a következő három típusúak: 1. Nem moduláris kimenetek 2. Félmoduláris kimenetek 3. Moduláris kimenetek.

1. típus. Nem moduláris kimenetek:

A nem moduláris csatornakivezetéseknél a vízhozam az elosztó és a vízfolyás vízszintkülönbségétől függ. A nem moduláris kivezetéseken keresztül történő kibocsátás széles tartományban ingadozik, akár az elosztó, akár a vízfolyás vízszintjének változásaival. A nem moduláris csatornakimenetet a felfelé irányuló végén lévő redőny vezérli. A fejveszteség a nem moduláris aljzatban kisebb, mint a moduláris aljzatban.

Ezért a nem moduláris csatornakivezetések nagyon alkalmasak alacsony fejjel való használatra. Mindazonáltal a nem moduláris csatornakivezetéseknél a disshycharge még akkor is változhat, ha az elosztó vízszintje állandó marad. Ezért nagyon nehéz biztosítani a víz egyenlő elosztását minden kifolyónál, amikor nagy a vízigény.

A nem moduláris csatornakivezetés általában merülő csőkivezetés vagy falazott zsilip formájában van, amely a csatornapartban van rögzítve az elosztó áramlási irányára merőlegesen. A cső átmérője 10-30 cm között változik. A csövet könnyűbeton alapra fektetik, hogy elkerüljék a cső egyenetlen üledését és az ebből következő szivárgási problémákat.

A csőbemenetet általában körülbelül 25 cm-rel az elosztó vízszintje alatt tartják. Ha az elosztó vízszintjének jelentős ingadozása várható, a beömlőnyílást úgy rögzítik, hogy az a minimális vízszint alatt van az elosztóban. A 7.9. ábra egy csőkimenetet mutat.

Nyilvánvaló, hogy a nem moduláris kivezetéseken keresztüli kibocsátás az elosztó és a vízfolyás vízszintjétől függően változik. A magasan elhelyezkedő szántóföldek esetében magas a vízfolyás szintje, így a vízhozam viszonylag kicsi. De az alacsonyan fekvő területeken a vízhozam az alacsonyabb vízállás miatt viszonylag nagyobb.

Továbbá, attól függően, hogy mennyi vizet vont ki a fejbe, a farok nyúlása teljesen kiszáradhat vagy elönthető. A csőkivezetéseken keresztüli kibocsátás növelhető a vízfolyás mélyítésével és ezáltal a benne lévő vízszint csökkentésével. A kiömlés az áramlási viszonyok miatt kifolyóról kimenetre változik, és ugyanazon a kimeneten különböző időpontokban is, a dishytributary csatornában lévő üledékkibocsátás miatt.

Ezért a víz megfelelő és méltányos elosztása nagyon nehéz. Ezek a csőkivezetések komoly hátrányai. A nem moduláris aljzatok azonban alacsony fejjel is jól működnek, és ez a legfőbb érdemük. A csővezetékeket az elosztás kezdeti szakaszában alkalmazzák, vagy kiegészítő öntözésre olyan szezonban, amikor többletellátás áll rendelkezésre.

2. típus. Félmoduláris kimenetek:

A félig moduláris csatornakivezetésen (vagy félmodulos vagy flexibilis kivezetésen) keresztül történő kivezetés csak az elosztó vízszintjétől függ, és a vízfolyás vízszintje nem befolyásolja, feltéve, hogy a működéséhez szükséges minimális munkamagasság rendelkezésre áll.

A félmodul alkalmasabb a víz egyenlő elosztására az elosztó összes kimenetén. A félmoduláris csatornakivezetés egyetlen hátránya és hátránya az, hogy viszonylag nagyobb fejvesztéssel jár.

A félmoduláris csatornakivezetés legegyszerűbb típusa a légkörbe szabadon távozó csövek. A nem moduláris kivezetésként leírt csőkivezetés félmodulként működik, amikor szabadon folyik a vízfolyásba. A cső kimeneti végét a vízfolyás vízszintjénél magasabban kell elhelyezni.

Ebben az esetben a H munkamagasság az elosztó vízszintje és a csőkimenet közepe közötti különbség. A csőkivezetésen keresztüli kibocsátást a kultivátor nem tudja növelni a vízfolyás ásásával és ezáltal a vízfolyás vízszintjének csökkentésével. A rugalmas kimenetek egyéb típusai közé tartozik a Kennedy’-es mérőnyílás, a nyitott égéstermék-kivezetés és a nyílásos félmodulok.

(i) Kennedy’s Gauge Outlet:

Ezt az aljzatot R.G. Kennedy 1906-ban. Főleg egy harangtorlú bemenettel ellátott nyílásból, egy hosszan táguló szállítócsőből és egy, a torok feletti, közbeeső függőleges légoszlopból áll (7.10. ábra). A légtelenítő cső lehetővé teszi a levegő szabad áramlását a sugár körül.

Ez az elrendezés függetlenné teszi a kiömlőnyíláson keresztül történő kivezetést a vízfolyás vízszintjétől. A vízsugár belép az öntöttvas tágítócsőbe, amely körülbelül 3 m hosszú, és amelynek végén általában cementbeton csőhosszabbítás van kialakítva. Ezután a víz a vízfolyásba kerül.

Ezt a kimenetet a kultivátor könnyen megváltoztathatja, és elzárja a légtelenítő csövet, hogy növelje a kiömlést a kimeneten keresztül. Emiatt a hátránya és a magas költsége miatt a Kennedy’-es mérőnyílást általában nem használják.

A nyitott égéstermék-elvezető egy olyan gát, amelynek torka kellően összeszorult ahhoz, hogy szuperkritikus áramlást biztosítson, és elég hosszú ahhoz, hogy a szabályozó rész a torkon belül maradjon minden ürítésnél a maximumig. A torok után fokozatos tágulás történik. A teljes szerkezet tégla falazatú, de a vezérlő szakasz általában öntöttvas vagy acél ágyazással és ellenőrző lapokkal van ellátva.

Ez az elrendezés biztosítja a hidraulikus ugrás kialakulását, és így a kilépő ürítés független marad a vízfolyás vízszintjétől. A 7.11. ábra egy nyitott égéstermék-elvezető nyílást mutat, amelyet általában Pandzsábban használnak. A kiömlés a csatorna kimenetén H 3/2 arányos.

(iii) nyílásos félmodulok:

A nyílásos félmodul egy nyílásból áll, amelyet az alsó oldalon egy fokozatosan táguló és félrevezető cső követ (7.12. ábra). A nyíláson áthaladó szuperkritikus áramlás a táguló folyamban hidraulikus ugrás kialakulását idézi elő, így a kilépő ürítés független marad a vízfolyás vízszintjétől.

A tetőtömb megfelelő kialakítású, hogy biztosítsa a konvergáló áramlást és shylines, így a vízhozam nem nagyon csökken. A tetőblokkot két csavarral rögzítik a helyére, amelyek egy falazott kulcsba vannak beágyazva. A beállításhoz ez a falazat szétszedhető és a tetőtömb megfelelően beállítható.

Ezt követően a falazott kulcsot átépítik. Így a beállítás kis költséggel elvégezhető. Azonban, ha a kultivátorok manipulálják a kimenetet, könnyen észrevehető a falazott kulcs sérülése. Ez ennek az üzletnek a legfőbb érdeme.

Típus #3. Moduláris kivezetések:

A moduláris csatornakivezetéseknél a vízhozam független az elosztó és a vízfolyás vízállásától, ésszerű működési határokon belül. Ezek a kimenetek tartalmazhatnak mozgó alkatrészeket, vagy lehetnek mozgó alkatrészek nélkül. Ez utóbbi esetben ezeket merev moduloknak nevezzük. A mozgó alkatrészekkel ellátott moduláris csatornakivezetések tervezése és kivitelezése nem egyszerű, ezért drágák.

A moduláris csatornás kivezetés fix vízelvezetést biztosít, így lehetővé teszi a gazdálkodó számára, hogy ennek megfelelően tervezze meg öntözését. Az elosztó túlzott vagy hiányos készletei esetén azonban az elosztó végpontja eláraszthat, vagy víztelenné válhat. Ennek az az oka, hogy a moduláris kimenet nem állítja be a kibocsátását az elosztó szintjének megfelelően.

Ha azonban egy elágazó csatornában kell kialakítani egy kivezetést, amely valószínűleg nagy ingadozásokkal jár, akkor a moduláris kivezetés ideális választás. Az aljzatot elég alacsony szintre kell beállítani ahhoz, hogy ki tudja venni a rá eső részt, amikor a fiók alacsony készlettel működik.

Amikor a fióktelepnek többletellátást kell szállítania, hogy kielégítse az elosztók igényeit, a moduláris kivezetésen keresztüli ürítést ez nem érinti, és a felesleges készletek elérik a kívánt elosztókat.

Hasonlóképpen, ha egy kiömlőnyílást a szabályozó vagy egy megemelt tetőesés előtt kívánunk elhelyezni, a moduláris kimenet megfelelő választás lehet. A legtöbb moduláris aljzatnak mozgó alkatrészei vannak, amelyek költségessé teszik a telepítést és a karbantartást.

A következő két típusú moduláris aljzat (más néven merev modulok) azonban nem tartalmaz mozgó alkatrészt:

Ennek a modulnak van egy bemeneti csője az elosztó bank alatt. Ez a cső a vizet az elosztóból egy felszálló spirálcsőbe vezeti, amely csatlakozik az örvénykamrához (7.13. ábra). Ez az elrendezés szabad örvénymozgást eredményez. Ennek a szabad örvénymozgásnak köszönhetően a víz felfelé ível (a nagyobb sugarú kisebb sebesség miatt – ez az örvénymozgás jellemzője) a felszálló cső külső fala közelében. A vízfelület tehát a belső fal felé lejt.

Számos megfelelő méretű terelőlemez van felfüggesztve az örvénykamra tetején úgy, hogy ezeknek a lemezeknek az alsó vége az áramlási iránnyal ellentétesen lejt.

A fej növekedésével az ostyapad felfelé emelkedik az örvénykamra külső falánál, és nekiütközik a terelőlemezeknek, és körbeforog a két egymást követő terelőlap közötti rekeszben. Ez a felesleges energia disszipációját okozza, és állandó kisülést eredményez. A kivezetés viszonylag költségesebb, és az üledék elvezetése sem jó.

(ii) Khanna’s merev nyílású modul:

Ez a csatorna kimenet hasonló egy nyílásos félmodulhoz. De emellett ferde hajtások vannak a tetőtömbben rögzítve (7.14. ábra). Ezek a hajtások visszaáramlást okoznak, és így állandóan tartják a kimeneti kisülést.

Ha az elosztó vízszintje a normál szint alatt van vagy az alatt van, a kiömlőnyílás nyílásos félmodulként viselkedik. De amikor a szülőcsatorna vízszintje a normál szint felett van, a vízszint az A kamrában megemelkedik, és belép az első ferde hajtásba. Ez visszaáramlást okoz, és további energiát oszlat el.

Ez állandó kisülést eredményez. A ferde hajtások száma és a normál szint feletti magassága a helyi igényeknek megfelelően változhat. A hajtások egy kamrában vannak elhelyezve, hogy ne lehessen őket manipulálni. Ha a hajtások elzáródnak, a kimenet továbbra is félmodulként működik.


4 válasz 4

A feltételek hasonlóak. Általában úgy gondolom, hogy a "modul" nagyobb, mint egy "komponens". Az alkatrész egy alkatrész, általában viszonylag kis terjedelmű, esetleg általános célú. A példák közé tartoznak a felhasználói felület vezérlői és a „háttér-összetevők”, például az időzítők, a szálfűző asszisztensek stb. A „modul” az egész egy nagyobb darabja, általában valami összetett elsődleges funkciót lát el külső interferencia nélkül. Ez lehet egy olyan alkalmazás osztálykönyvtára, amely integrációt biztosít az e-mailekkel vagy az adatbázissal. Ez akkora lehet, mint egy programcsomag egyetlen alkalmazása, például egy ERP/számviteli platform "Kövedelkezési modulja".

Azt is gondolom, hogy a "modulok" jobban felcserélhetők. A komponensek reprodukálhatók, az újak úgy néznek ki, mint a régiek, de valamilyen szempontból "jobbak", de jellemzően a rendszer kialakítása szigorúbban függ egy komponenstől (vagy egy olyan cserétől, amelyet az adott komponens nagyon specifikus viselkedéséhez terveztek). Nem számítógépes értelemben az "alkatrész" lehet egy autó motorblokkja, amelyet a motoron belül lehet bütykölni, akár teljesen kicserélheti, de az autónak rendelkeznie kell motorral, és meg kell felelnie a nagyon merev előírásoknak, például a méreteknek, súly, rögzítési pontok stb., hogy lecseréljék az eredetileg az autót tervezett „készlet” motort. A "modul" viszont "plug-in" típusú funkcionalitást jelent, bármilyen is legyen az a modul, olyan könnyű módon lehet vele kommunikálni, hogy a modul eltávolítható és/vagy cserélhető, minimális hatással a többi részre. a rendszerről. Egy ház elektromos rendszere rendkívül moduláris, így bármit csatlakoztathat a 120 V15 A-es csatlakozóval bármely 120 V15 A-es aljzathoz, és elvárhatja, hogy a csatlakoztatott dolog működjön. A ház vezetékei nem törődhettek azzal, hogy mi hova van bedugva, feltéve, hogy a rendszer egyetlen ágának energiaigénye sem haladja meg a biztonságos határértékeket.


Mintaszintű dúsítási elemzés és KEGG útvonal modul

A mintaszintű dúsítási analízis (SLEA) egy új módszer, amelyet általánosabban alkalmaznak az egyes minták szintjén végzett dúsítási elemzésre, és a közelmúltban széles körben elfogadott [11-17]. Az útvonalak vagy modulok gének listáiként jelennek meg, amelyek beszerezhetők a szakirodalomból vagy online adattárakból, mint például a Gene Ontology és a KEGG, valamint meghatározhatók más nagy áteresztőképességű vizsgálatokkal. Anélkül, hogy a mintákról előzetesen fenotípusos információkat használna fel, az SLEA a z-teszt segítségével dúsítási pontszámot számít ki mintánként és génkészletenként. Ezt a pontszámot használják a megfelelő modul vagy útvonal relatív fontosságának meghatározására a különböző betegcsoportokban [11, 13].

Ebben a tanulmányban az egyes minták dúsítási analízisét a Gitools 1.6.0-s verziójával végeztük. A fent leírtak szerint a z-score módszert alkalmaztuk. Ez a módszer összehasonlítja az egyes modulokban lévő gének átlagos (vagy medián) expressziós értékét 10 000 azonos méretű véletlenszerű modul átlagának (vagy mediánjának) eloszlásával, amely ugyanazon minta expressziós értékeiből származik. Ennek a dúsítási analízisnek az eredménye egy z-pontszám, amely egy génkészlet megfigyelt és várt átlagos (vagy medián) expressziós értéke közötti különbség mértéke. A z-pontszámhoz kapcsolódó P értéket a Benjamini-Hochberg false discovery rate (FDR) módszerrel többszörös tesztelésre korrigáltuk. Egy modul “pozitívan dúsított” a mintában, ha pozitív z-pontszámmal rendelkezik < 0,05 korrigált P-értékkel, és “negatívan gazdagodik”, ha a z-pontszám negatív korrigált P-értékkel érték < 0,05[11, 13, 17]. Az egyes minták dúsítási feltétele mellett a dúsítási értékeket is felhasználtuk az útvonal klaszterezéséhez és az elvi komponensek elemzéséhez a leírtak szerint [14, 17]. Az eredményeket hőtérképként vizualizáltuk a Gitoolsban, amely hasznos a minták közötti dúsítási minták azonosításához és értelmezéséhez.

A KEGG útvonal modulokat a http://www.genome.jp/kegg/pathway.html címről töltötték le. Összesen 294 jelátviteli útvonalat vizsgáltunk meg a KEGG adatbázisokban. Mindegyik útvonalhoz azonosítottuk az összes kapcsolódó gént. A KEGG-útvonalak segítségével azonosított génkészletekben található génnevek, valamint a TCGA-adatkészletben és a Rembrandt-adatkészletben található génnevek feltérképezésével mind a 294 útvonal génexpressziós profilját kinyertük a tréningkészletben lévő 529 tumormintából és a 228 tumormintából. érvényesítési készletben.


Következtetések

A modularizációs algoritmusok felbontási korlátja nagy akadálya azoknak a számítási algoritmusoknak a keresésének, amelyek képesek biológiailag releváns modulok kimutatására molekuláris hálózatokban. Módszerünk nagyobb pontosságot mutatott a modularizálásban, és bebizonyította, hogy képes kisebb modulokat találni szintetikus LFR hálózatokon, amelyek utánozzák a molekuláris hálózatokat és a valódi fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózatokat. A módszerünk alkalmazásával megvalósított modulok topológiai minősége és funkcionális jelentősége jelentősen javult a meglévő algoritmusokhoz képest. Az itt kifejlesztett finomító algoritmus egy egyszerű és inkrementális megközelítés, amely kiterjeszthető más minőségmaximalizáló modul-észlelési algoritmusokra is, hogy javítsa a felbontási korlát hatását. Tovább vizsgálhatjuk algoritmusunk konvergencia tulajdonságait, átfedő klaszterekben való alkalmazását és a minőségromlási küszöb hatását.


Mód

Növényanyagok és kísérleti tervezés

Az alacsony Cd-akkumulatív fajtaShennong 315” (O. s. japonica, az S315 rövidítése) és a magas Cd-akkumulatív fajtaShendao 47” (O. s. japonica, az S47 rövidítése) növényi anyagokként használták. Az összes magot a Liaoning tartomány Germplasm Resources Bankjától szereztük be Liaoshendao[2001]No.96 és Liaoshendao[2010]No.235 hozzáférési számmal az S315 és S47 esetében. A kísérletet a Northeast Agricultural University-n található kísérleti üvegházban végezték. Három valódi leveles stádiumban a rizspalántákat üvegházba ültettük át hagyományos sűrűségű, megvilágítási és trágyázási stratégiával. Összesen 60 rizspalántát (ebből 30 db S315-ös és S47-es palántát) használtunk növényi anyagként. Minden rizsfajtát (30 palánta) véletlenszerűen két medencére osztottunk (mindegyikbe 15 növény), amelyek közül az egyiket Cd 2+ -mentes iszapos vízzel töltöttük (kontrollcsoport, C-vel jelölve), a másikat pedig CdCl-dal kezeltük.2·2,5H2O (10 mg/kg) érésig (Cd kezelési csoport, T-vel jelölve). Összesen négy csoportot terveztek, köztük C-S315, T-S315, C-S47 és T-S47. Az első csomópont (nem megnyúlt csomópontok, A-val jelölve, 1. ábra), panicle csomópont (B-vel jelölve, 1. ábra) mintái), és a szemeket a szemcsetöltési szakaszban gyűjtöttük a Cd-tartalom meghatározásához öt biológiai ismétléssel (mindegyikhez három technikai ismétlés). Az összes szárcsomó-mintát (az első és a panicle csomópontot) összegyűjtöttük a transzkriptom elemzéshez, és C-S315-A, T-S315-A, C-S315-B, T-S315-B, C-S47-A, T-S47-A, C-S47-B és T-S47-B, és mindegyik csoporthoz három biológiai ismétlést állítottunk be (minden biológiai ismétlés három egyedet tartalmazott). Minden friss mintát –80 °C-on tároltunk a vizsgálatig.

Az összes Cd koncentráció meghatározása

Az A csomópontban, a B csomópontban és a rizsszemekben a Cd-koncentráció meghatározásához atomabszorpciós spektrofotométert (AAS) használtunk az utasításoknak megfelelően. Röviden, a friss szöveteket aprítottuk, szárítottuk és porítottuk. 100 mg port 1 ml HNO-val kezeltünk3 és 20 ml ultratiszta vízzel hígítottuk. Standard Cd oldat (CdCl2) minőség-ellenőrzési mintaként használták.

Teljes RNS extrakció és mRNS könyvtárak felépítése

A teljes RNS-t a szárcsomó-szövetekből extraháltuk egy RNAprep pure Plant Kit (Tiangen, Kína) segítségével. Az RNS minőségét gélelektroforézis és Nanodrop (Thermo, USA) segítségével értékeltük. Minden csoportban három egyedtől egyenlő RNS-mintákat egyesítettünk egy összetett mintává (biológiai ismétlésként), és ennek megfelelően minden csoportban 3 összetett mintát készítettünk (n = 24 minta). Az összes RNS-mintát fordítottan cDNS-mintákká írtuk át QuantScript RT Kit (Tiangen, Kína) segítségével. A szekvenciakönyvtárakat ezután az mRNA-seq V3 Library Prep Kit for Illumina (Vazyme, Kína) felhasználásával hoztuk létre a gyártó utasításai szerint. A könyvtár minőségét Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, USA) segítségével értékeltük. Végül egy Illumina HiSeq X szekvenáló platformot (egy párvégű 2×150 bp mód) használtunk a szekvenálási adatok megszerzésére.

MRNS szekvencia adatfeldolgozás

A nyers szekvenálási adatok minőségét (.fastq formátum) a FastQC (0.11.5-ös verzió, http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) segítségével ellenőriztük. A gyenge minőségű leolvasásokat és az adapterolvasásokat eltávolítottuk a nyers adatokból, és a tiszta adatokat összeállítottuk, és összehasonlítottuk a rizs referenciagenomjával (IRGSP-1.0.28, http://rice.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/ o_sativa/) a hisat2 használatával (http://ccb.jhu.edu/software/hisat2). Az olvasások FPKM értékét (várható töredékek száma kb. millió leolvasásonként) a Cufflinks (2.2.1-es verzió, http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/) segítségével számítottuk ki. A főkomponens-analízist (PCA) és a Pearson-féle korrelációs elemzést az FPKM alapján végezték el. A differenciálisan expresszált géneket (DEG) a DESeq (http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq.html) 49 segítségével azonosítottuk, a p < 0,05 és |log kritériumokkal.2(Fold Change, FC) | ≥ 2. Gének log2FC > 2 és log2Az FC < -2-t felfelé és lefelé szabályozott DEG-ként azonosították. A DEG-ek expressziós profilján alapuló hierarchikus klaszterezést a pheatmap (1.0.10 https://cran.r-project.org/web/packages/pheatmap/index.html) mutatta be.

WGCNA elemzések DEG-ekhez

A WGCNA R csomagot (v1.61 https://cran.r-project.org/web/packages/WGCNA/index.html) használták a DEG-ek ko-kifejezési moduljának elemzéséhez50. A szomszédsági mátrix lágy küszöberejének WGCNA paramétereit és a sajátgének korrelációs koefficiensnégyzetének kritériumait a hozzávetőleges skálamentes topológia előfeltételek és a ≥30 gén cut-off és vágási magasság = 0,15 kritériumai alapján határoztuk meg. A szomszédsági mátrix eltérése 0,2 volt. Ezután azonosítottuk a sajátgének WGCNA moduljait (ko-expressziós hálózat), és az agronómiai tulajdonságokkal korrelált hálózatokat a stabilitási korreláció p ≤ 0,05 kritériumával. A génszignifikancia (Pearson-féle korrelációs koefficiens) ≥0,6 agronómiai tulajdonságokkal rendelkező modulokat (Cd-kezelés, Cd-felhalmozódás és különböző szöveti csomópontok) megtartottuk a további elemzésekhez.

GO és KEGG dúsítási elemzés

A modulok agronómiai jellemzőivel korrelált DEG-jeit külön vetettük alá a Gene Ontoloy (GO http://www.Geneontology.org/) és a KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) útvonalak dúsítási elemzésének 51 . A szignifikáns GO biológiai folyamatokat (BP) és a KEGG útvonalakat p < 0,05 kritériummal azonosítottuk.

QRT-PCR génexpressziós elemzés

qRT-PCR elemzést végeztünk a jelölt DEG expressziójának ellenőrzésére. A jelölt DEG-ek primerjeit a Primer Premier 5.0 (http://www.PremierBiosoft.com) segítségével terveztük. A 20 μl-es reakciótérfogat 2 μL hígított cDNS-t, 0,5 μL forward és reverse primert (10 μM), 10 μL 2×POWRUP SYBR MASTER MIX-et (Thermo, USA) és 7 μL dd H-t tartalmazott.2O. A PCR-amplifikációt Eppendorf Mastercycler pro PCR System-en (Eppendorf, Németország) végeztük 95 °C-on 5 percig, majd 40 ciklus 95 °C-on 15 másodpercig, 58 °C-on 30 másodpercig, majd 72 másodpercig. °C-on 5 percig. A relatív kvantifikációt 2 −ΔΔCT módszerrel számítottuk ki. Itt három független biológiai másolatot terveztek.

Statisztikai analízis

A statisztikai elemzést a GraphPad Prism 6 (https://www.graphpad.com/support/prism-6-updates/) segítségével végeztük. Minden kísérleti adatot átlag ± standard deviációban (SD) fejeztünk ki, és a csoportok vagy kezelések közötti különbségeket páratlan t-teszttel elemeztük. A szövetek közötti különbségeket egyutas ANOVA teszttel elemeztük. P < 0,05 volt a statisztikai különbségek szignifikáns küszöbe.

Etikai jóváhagyás

Ez a cikk nem tartalmaz emberi résztvevőkkel vagy állatokkal végzett, a szerzők által végzett tanulmányokat.


Absztrakt

A biológiai talajkéreg (biokéreg) világszerte széles körben elterjedt száraz és félszáraz környezetben. A biokrusztok mikrobiom anyagcsereútjai fontos biogeokémiai folyamatokhoz járulnak hozzá, amelyek javítják a felszíni talaj fizikai-kémiai tulajdonságait. A mikrobiális folyamatokban a különböző típusú biokéregek közötti különbségeket azonban a metagenomikai elemzések kevéssé tanulmányozták. Ebben a vizsgálatban kétféle biokérget hasonlítottunk össze (bakteriális és moha-domináns biokéreg) sörétes metagenomikus szekvenálás segítségével. Eredményeink ezt mutatták Actinobacteriumok a bakteriális és moha biokéreg mikrobiómáiban a legelterjedtebb törzs volt, annak ellenére, hogy a két biokéreg különbözött a következő másik bőséges törzsek összetételében Proteobaktériumok, Acidobaktériumok, Cianobaktériumok, Planctomycetes és Bakterioidák. A metagenom C- és N-rokon metabolikus útvonalainak profilja különbözött a bakteriális és a moha biokéregben. Az eredmények azt mutatták, hogy a szén-monoxid-dehidrogenázt kódoló gének nagyobb mennyiségben voltak jelen, mint a ribulóz 1,5-biszfoszfát karboxiláz/oxigenáz (RubisCO) kódoló génje, amely részt vesz a Calvin-ciklusban, amely tulajdonképpen mindkét biokéregben a szénmegkötés fő metabolikus útvonala. Alacsony diverzitás N2 A fixációs utak a biocrust mikrobiomák megkülönböztető jellemzőinek tűnnek, míg a nitrogén redukciója uralta a két biokruszt metabolikus hálózatát. Az asszimiláló nitrátredukciós génekben gazdag bakteriális biokéreg mikrobiomja, míg a moha biokrisztek mikrobiomája disszimiláló nitrátredukciós génekben volt gazdag. A (bio)kémiai paraméterek közül a teljes szerves szén (TOC) tesz különbséget a bakteriális és a moha biokérge között. Vizsgálatunk azt sugallja, hogy a biocrust típusok jelentős hatással vannak a TOC-tartalomra, valamint a taxonómiai, gén- és metabolikus diverzitásra.


BMSc modulok

Az Bachelor of Medical Sciences (BMSc) program az összes olyan modul kombinációja, amely BMSc diplomával érettségihez vezet. Felvétel a BMSc programba évfolyamon történik, és csak a BMSc 3. évfolyamra felvett hallgatók folytathatnak olyan modulokat, amelyek BMSc diplomával érettségihez vezetnek.

Mely modulok vezetnek BMSc diplomához?

Kitüntetések Szakirány modulok BMSc-ben

21 Honors Specialization modul van amelyek BMSc (Honours) diplomával érettségihez vezetnek, és csak a BMSc 3. és 4. évfolyamos hallgatói regisztrálhatnak ezekbe a modulokba.

Az egyes Honors Specializációs modulok 3. és 4. évfolyamára való beiratkozás korlátozott a 4. évfolyamban szükséges zárótanfolyam miatt:

  • 20 Honors Specialization modul tartalmaz egy 4000-es szintet Kutatási projekt mint a zárókőpálya
  • Az IMS Honors Specializációhoz 4000 szintű haladó laboratóriumi féltanfolyamra és egy kiválasztott témakörre van szükség, mint a zárókurzusok (lásd Orvostudományok 4900F/G és 4930F/G)

Ha egy adott Honors Specialization modulra több hallgató jelentkezik, mint ahány férőhely van, akkor a Honors Specializációra való felvétel versenyképessé válik:

  • lát Felvétel 3. évfolyamos BMSc információkért a 3. évfolyam Honors Specialization moduljaiba való felvételről (pl. maximális kapacitás és versenyképes átlagok az egyes modulok felvételéhez stb.)
  • lát Felvétel 4. évfolyamos BMSc információkért a Honors Specialization modulok 4. évfolyamára való felvételről (pl. maximális kapacitás és versenyképes súlyozott átlagok az egyes modulok felvételéhez stb.)

Lásd a Tudományos naptár az orvostudományi alapszakok által kínált modulok teljes listája.

BMSc kettős szak

A dupla szakok BMSc (kitüntetéses) és BMSc (nem kitüntetéses) diplomákban is teljesíthetők, feltéve, hogy mindkét szak modult kiválasztják a 9 fő modul az orvostudományi alapszakok kínálják. Az egyetlen különbség a BMSc (Honours) fokozatú kettős szak és a BMSc (nem kitüntetéses) fokozatú kettős szak között a moduláris képzéseken elért pontszámok szintje. Lásd a Érettségi követelményei Kitüntetéses Bachelor fokozatokhoz és a Érettségi követelményei alapképzéshez (négy éves).

Csak a 3. és 4. évfolyamos BMSc hallgatók iratkozhatnak be olyan kettős szakra, amely BMSc (kitüntetéses) és BMSc (nem kitüntetéses) diplomával rendelkezik:

  • BMSc (nem kitüntetéses) diploma akkor adható, ha az egyik vagy mindkét szakhoz szükséges 6,0 kurzus átlaga 70% alatti és/vagy moduláris képzésben 60% alatti érdemjegy érhető el az egyik vagy mindkét szakon. modulok és/vagy ha valamelyik kurzuson elégtelen osztályzatot értek el

A kettős szakra való beiratkozás az nem korlátozott, mivel a szakok egyike sem tartalmaz döntő kurzust a 4. évben:

  • a 4000 szintű záróköves tanfolyamok (Kutatási projektek és Orvostudományok 4900F/G + 4930F/G) csak a Honors Specialization modulok hallgatói vehetnek részt.

A legtöbb, kettős szakot elvégző BMSc hallgató azt tapasztalja, hogy ugyanazok a kurzusok jelennek meg mindkét szakon (pl. a Biokémia 2280A mindkét szakon megjelenik):

  • maximum 1.0 "közös kurzus" számítható bele mindkét modulba -- lásd a Közös tanfolyami szabályzat
  • lát Felvétel 3. évfolyamos BMSc és Felvétel 4. évfolyamos BMSc információért a 3. és 4. évfolyamos kettős szakra való felvételről

Lásd a Tudományos naptár az orvostudományi alapszakok által kínált modulok teljes listája.

Szakterület az interdiszciplináris orvostudományokra (IMS)

A BMSc programban csak 1 specializációs modul érhető el - IMS specializáció - és ebbe a modulba csak a BMSc 3. és 4. évfolyamos hallgatói jelentkezhetnek.

Very few students pursue a Specialization in IMS since this module leads to graduation with a non-honours BMSc degree. Since most students in the BMSc Program meet and/or exceed the marks/averages required to register in Honours degrees, students are strongly encouraged to pursue either Honours Specialization modules or Double Majors.

Enrollment in the Specialization in IMS is nem limited as this module does not contain a capstone course in Year 4

  • the 4000-level capstone courses Medical Sciences 4900F/G + 4930F/G) cannot be taken by students in the Specialization in IMS.
  • lát Admission to Year 3 BMSc és Admission to Year 4 BMSc for information about admission to the Specialization in IMS in Years 3 and 4

Lásd a Academic Calendar for the complete listing of modules offered by the basic medical science departments

Discipline-specific or interdisciplinary modules?

The decision to pursue a discipline-specific module or an IMS module is a personal decision for each student. Students seeking admission to graduate and/or professional programs after their BMSc degrees are encouraged to investigate whether their choice of discipline-specific or interdisciplinary modules will influence their eligibility.

Discipline-specific modules

Modules that focus on one or two specific basic medical science disciplines in Years 3 and 4 are referred to as "discipline-specific" modules. Examples of how the discipline-specific modules differ from the IMS modules are as follows:

  • discipline-specific modules are more structured than IMS modules
  • a Research Project is undertaken in Year 4 by students in discipline-specific Honors Specialization modules

Interdisciplinary modules in BMSc

In Years 3 and 4 of the Interdisciplinary Medical Sciences (IMS) modules, at least two basic medical science disciplines must be studied and each student chooses the disciplines to be studied.

  • rather than a Research Project in Year 4, students in the Honours Specialization in IMS take Medical Sciences 4900F/G (lab course) and 4930F/G (lecture course)in which a clinical condition/disease is considered from an interdisciplinary perspective
  • students in the Major in IMSare required to take Medical Sciences 4931F/G to gain insight into the study of a clinical condition from the lens of the various disciplines.

Which to pursue: Honours Specialization or Double Majors? or Specialization?

Students are encouraged to pursue either an Honours Specialization module or Double Majors within the BMSc Program since these lead to graduation with a BMSc Honours degree. Students completing a Specialization module will complete a BMSc degree (non-honours). W

Students often ask if an Honours Specialization module will benefit them more than Double Majors upon graduation with a BMSc degree. An Honours Specialization module will benefit te if the program/career to which te wish to apply after graduation either prefers or requires an Honours Specialization module.

Why consider an Honours Specialization module?

You might wish to consider an Honours Specialization module if:

  • you want to graduate with an Honours degree (might be required or preferred for your career path)
  • you would like to take a capstone course in Year 4: either (i) a Research Project in discipline-specific Honours Specialization modules, or (ii) Medical Sciences 4900F/G and 4930F/G for the Honours Specialization in IMS

Some graduate programs (Masters, PhD) at various universities may prefer students who have completed a research project in their undergraduate degree, while other graduate programs may simply want students to possess an Honours degree.

You'll need to contact the specific programs to which you wish to apply for answers to questions like:

  • is an honours degree required (or preferred) for admission?
  • am I at an advantage for admission if I complete an Honours Specialization module vs. Double Majors?
  • am I a more competitive candidate if I complete a Research Project (only available in discipline-specific Honours Specialization modules)

Why consider Double Majors?

Double Majors lead to graduation with either a BMSc Honours degree or a BMSc degree (non-honours). The Majors are the same in the two degree types (i.e. the required courses are exactly the same) but students need higher marks to graduate with the Honours degree (e.g. at least 60% in each modular course and an average of 70% on all courses in each Major - see details itt).

You might wish to consider Double Majors if:

  • you want to study two disciplines within the basic medical sciences but there is not an Honours Specialization module that contains courses from the two disciplines
    • examples of modules that contain more than one discipline include Honours Specialization in IMS and Honours Specialization in Biochemistry and Cancer Biology

    Registration in Double Majors in Year 4 is not limited to a particular number of students in Year 4 and you will be admitted to Year 4 Double Majors from Year 3 BMSc as long as you have the prerequisites to take the required 4000-level courses.

    Keep in mind that Double Majors in the BMSc Program almost always have "common courses" - modular courses that show up in both modules - and that there is a policy that specifies that a maximum of 1.0 common course can be used toward both modules (see details of the Common Course Policy).

    Why (or why not) consider a Specialization in IMS?

    A Specialization in IMS leads only to a non-honours BMSc degree and you need to determine if any program/career in which you might be interested after your degree either requires or prefers an Honours degree.

    You might wish to consider a Specialization in IMS if:

      your career path does not require or prefer an Honours degree

    We do not encourage you to complete the Specialization in IMS since you cannot graduate with an Honours degree. Very few BMSc students graduate with the Specialization in IMS for this reason.


    Adding Items to a Learning Module

    Now that you have created a Learning Module, it is time to add an item to it. An item can be any of the following:

    • Text you enter
    • An attached file in a variety of formats, including HTML, .jpg, or .gif
    • A series of files that are linked together such as a web site
    • An embedded file such as a Flash animation or YouTube video
    • A combination of options listed above

    An item can be any type of formatted text, such as reference materials, directions, a reading list, or lecture notes. Images, external links, tables, bulleted lists, and file attachments can also be added.

    QUICK STEPS: adding items to a Learning Module

    1. In Edit Mode, on the Course Menu, click the Content Area containing the Learning Module.
    2. On the Content Area page, click the Learning Module’s title.
    3. On the Learning Module’s Action Bar, point to Build Content and click Item.
    4. On the Create Item page, enter a Name. The Name will appear in the Table of Contents in the Learning Module.
    5. Enter text in the Text box. Use formatting options to select font face, size, alignment and color. Use the Text Editor to insert images, embed multimedia files and spell check.
    6. Add an attached file by clicking Browse My Computer, or Browse Course Files.
    7. Select the Options for availability, tracking, and date and time restrictions.
    8. Click Submit.

    You can enter a name for a file attachment, rather than use the file name. If you do not enter a name, the file name will be used.


    Nézd meg a videót: QuickGO - Gene ontology annotation 2017 (Lehet 2022).