Információ

Könyv/forrás bioinformatika tanuláshoz, a genomikára fókuszálva?

Könyv/forrás bioinformatika tanuláshoz, a genomikára fókuszálva?



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Tud valaki olyan forrást, amely a bioinformatika tanulására a genomikára összpontosít? Szeretnék sok olyan készséget elsajátítani, amelyet hatékonyan alkalmazhatnék a munkaerőben, ha valaha is ügyes leszek a területeken. Gyenge a számítástechnikai tudásom, közepes a biológia tudásom, de érdekesnek találom a témákat. Elolvastam "A dinamikus genom, a darwini megközelítés, Fontdevila-tól, és kicsit durva volt számomra. Elolvastam Arthur M Lesk genomika tankönyvének bevezetőjét is, és nagyon "akadémikusnak" találtam. .


Keith Bradnam és Ian Korf Unix and Perl to the Rescue egy kiváló bevezető könyv és útmutató a bioinformatikához (Linux és Perl) a genomikában. Gyakorlatokat tartalmaz, és az alapokkal kezdődik. Még mindig szüksége lesz néhány alapvető genetika és biológia ismeretére.


A Beginning Perl for Bioinformatics, Jim Tisdalltól http://shop.oreilly.com szerintem nagyon jó, és a folytatása, a Mastering Perl for Bioinformatics is nagyszerű. A hangsúly nagyrészt, de nem kizárólagosan a genomikán van.


Brian Golding és Dick Morton elemi szekvenciaelemzése jó kezdő. Az online források itt találhatók: http://helix.biology.mcmaster.ca/courses.html Itt található egy nagyszerű online oktatóanyag a szekvenálási technikákhoz, bevezetéssel, példákkal és mindennel. http://bioinf.comav.upv.es/courses/sequence_analysis/sequencing_technologies.html


Bár önmagában nem könyv, az edX Lifesciences kurzus nagyon hasznos volt számomra, nagyszerű munkát végez abban, hogy lefedi a genomelemzés teljes folyamatát, amelyet az embernek használnia kell. A mind a 8 osztályt tartalmazó link itt található, görgess egy kicsit lejjebb és láthatod a modul összes osztályának linkjét:

https://courses.edx.org/courses/HarvardX/PH525.3x/1T2015/dffde833663e4f71ab64246ebe5598d1/


Erősen javaslom, hogy vegyen részt egy ingyenes tanfolyamon a tanfolyamon.Sok érvényes kurzus a bioinformatikára összpontosít kezdőknek, és diákat, jegyzeteket és mindent, ami az induláshoz szükséges. Ha egy jó könyvet keresel a kezdéshez, akkor ezt ajánlom


Bioinformatika a rákgenomikához

A rákkutatás gyorsan bevonta kutatásába a nagy áteresztőképességű technológiákat és a számítási felhőt. Nagy mennyiségű adat jön létre különféle microarray-, szövettömb- és következő generációs szekvenáló platformokról. A dedikált számítási felhők, mint például a Cancer Genome Colaboratory [http://cancercollaboratory.org/] megkönnyítik a nagy rákos adathalmazok komplex elemzését olyan projektekből, amelyek adataikat a felhőben tárolják, mint például az ICGC és a PCAWG. Most minden eddiginél fontosabb az informatikai készségek és a rendelkezésre álló, rákspecifikus bioinformatikai erőforrások ismerete, valamint a felhőben elérhető adatkészletek elérése és felhasználása.

Ez 6 napos workshop lefedi a rák genomikai adatkészleteinek elemzéséhez, valamint a felhőben található adatkészletekhez való hozzáféréshez és az azokkal való munkához szükséges legfontosabb bioinformatikai fogalmakat és eszközöket.

A résztvevők gyakorlati tapasztalatra és készségekre tesznek szert:

  • Vizualizálja a genomikai adatokat
  • Elemezze a rák-omikus adatokat a génexpresszióra, a genom átrendeződésére, a szomatikus mutációkra és a kópiaszám változására
  • Az eredményül kapott rákgénlistán elemezze és végezze el az útvonalelemzést
  • Integrálja a klinikai adatokat
  • Virtuális gépek (VM) indítása, konfigurálása, testreszabása és méretezése
  • Navigáljon és dolgozzon a felhőtárolókból származó adatkészletekben és
  • Kövesse az adat- és munkafolyamat-kezelés bevált gyakorlatait.

Bioinformatika Dummies számára

  • Szerző : Jean-Michel Claverie
  • Kiadó: John Wiley & Sons
  • Kiadási dátum : 2006-12-18
  • Műfaj: Tudomány
  • Oldalak: 464
  • ISBN 10: 9780470089859

Mindig is kíváncsi volt a biológiára, de félt végigülni a hosszú órákon át tartó sűrű olvasást? Középiskolás korában tetszett a tantárgy, de az érettségi után más tervei voltak? Most anélkül fedezheti fel az emberi genomot és elemezheti a DNS-t, hogy elhagyná az asztalát! A Bioinformatics For Dummies tele van értékes információkkal, amelyek bemutatják ezt az izgalmas új tudományágat. Ez a könnyen követhető útmutató lépésről lépésre végigvezeti Önt minden, az interneten keresztül elvégezhető bioinformatikai feladaton. Felejtsd el a hosszú egyenleteket, a számítógépes halandzsát és a számítógépet lelassító, terjedelmes programok telepítését. Meg fog lepődni, hogy mi mindent érhet el, ha bejelentkezik, és követi ezeket a megbízható utasításokat. Megszerezheti a szükséges eszközöket: Minden típusú szekvencia elemzése Minden típusú adatbázis használata DNS- és fehérjeszekvenciákkal való munkavégzés, hasonlósági keresések végrehajtása több szekvencia-illesztés felépítése, illesztések szerkesztése és közzététele. dátum második kiadása újonnan létrehozott és népszerű adatbázisokat és internetes programokat, valamint számos új genomot tartalmaz. Tippeket ad a szerverek és helyek használatához, ahol erőforrásokat kereshet, hogy megtudja, mi történik a bioinformatikai világban. A Bioinformatics For Dummies megmutatja, hogyan hozhatja ki a legtöbbet számítógépéből és a megfelelő webes eszközökből, így profiként kereshet adatbázisokban és elemezheti a sorozatokat!


Köszönetnyilvánítás
Előszó
1. Egyezmények
2. Üdvözöljük az EMBOSS rendszergazdai kézikönyvében
3. Épület EMBOSS
4. KÖVETSÉG építése
5. Jemboss építése
6. Adatbázisok
7. Erőforrások
8. Gyakran ismételt kérdések (GYIK).

Alan J. Bleasby, Európai Bioinformatikai Intézet, Hinxton
Alan Bleasby az EMBL-EBI vezető tudományos tisztviselője. A korai EMBOSS programozási könyvtárat (AJAX) fejlesztette ki a Daresbury Laboratory-ban (Warrington, Egyesült Királyság), ahol a SEQNET UK nemzeti bioinformatikai szolgáltatásáért volt felelős. Jelenleg az EMBOSS-on dolgozik teljes munkaidőben.

Jon C. Ison, Európai Bioinformatikai Intézet, Hinxton
Jon Ison 2000 óta az EMBOSS fejlesztője. Az EMBL-EBI-nél dolgozik, és segít az EMBOSS koordinálásában Peter Rice-szal és Alan Bleasbyvel. Jelenleg ontológiákkal, adatintegrációval és alkalmazásfejlesztéssel foglalkozik.

Ez a cím intézményi megvásárolható a Cambridge Core-on keresztül

A Cambridge Core hozzáférést biztosít a világhírű kiadói programunk akadémiai e-könyveihez.


Vélemények és jóváhagyások

"Mint régóta támogatja a Pythont, mint a választott nyelvet a biológiai adatok elemzése és a molekuláris élet tudósainak számítógépes programozás oktatása során, ezért örömmel látom ezt a könyvet. [Ez] jól fókuszált bevezetést nyújt Python programozás, de ezt követően a Python nyelv tisztaságát használja a modern sejt- és molekuláris biológiában megjelenő, általánosan alkalmazott adatfeldolgozási és -elemzési technikák széles skálájának felderítésére. (többek között) egy Pythonról szóló könyvbe ihletett. A Python nyelv tisztasága segít megmutatni, hogy gyakran „igen, ez tényleg ilyen egyszerű”, oly módon, hogy a matematikai kifejezések bámulása gyakran nem sikerül, és a programozási elem lehetővé teszi az olvasót, hogy aktívan vegyen részt."
Jeremy Craven, Sheffieldi Egyetem

"A Python Programming for Biology kiváló bevezető a biológusok és biofizikusok előtt álló kihívásokba. A Python megfelelő választása, a legtöbb kutatás során azt használjuk laboratóriumainkban a biológia, a biokémia és a bioinformatika határfelületén. A könyv a programozási elveken keresztül vezet bennünket kezdőknek, biológiai háttérrel, az alapok bemutatásával. Hasznos tippeket tartalmaz a kód fejlesztéséhez és néhány konkrét példát, például szekvenciaanalízis, makromolekuláris szerkezetek, képfeldolgozás és adatbázisok terén. Örömmel láttam, hogy van egy érdemi rész a a gépi tanulás, amely a „big data” korszakában központi szerepet játszik az orvosbiológiai és agrár-biotechnológiai kutatásokhoz kifejlesztett szoftverek nagy részében."
Tom Blundell, Cambridge-i Egyetem

"Stevens és Boucher lebontják a programozás és a bioinformatika előtt álló akadályokat, biológusok és orvosok számára egyaránt… ez az a könyv, amelyet bárcsak évekkel ezelőtt elolvashattam volna. Egyszerre egyszerű oktatóanyagként és egyszerű angol hivatkozásként szolgál, a kulcsfontosságú programozás, biológia és A gyakorlati, valós alkalmazásokhoz szükséges programok felépítéséhez szükséges bioinformatikai fogalmak logikus és könnyen követhető sorrendben vannak elmagyarázva, segítve az olvasót, hogy gyorsabban jusson el a nulláról az eredményre.Számos programozási könyvtől és forrásanyagtól eltérően az információk a megfelelő módon jelennek meg a részletek és a szakzsargon eloszlatott, gyengéd, de alapos és gyakorlatias bevezetést ad a Python programozásba, miközben hasznos tippeket ad és bátorítja a bevált gyakorlatokat. Ez a bevezető az alapvető, középszintű és haladó számítástechnikai ismeretek „alapjaitól kezdve” magyarázataira épül. Biológiai módszertanokat Python implementációkon keresztül, ami egy jól lekerekített szöveget eredményez a biológiai kihívások megoldására alkalmas programozáshoz."
Harry Jubb, Cambridge-i Egyetem

"Mint egyre értékesebb és fontosabb készség, a programozás ijesztő lehet az újoncok számára. A Python Programming for Biology tökéletes bevezetést nyújt a kódolás világába. Stevens és Boucher gyengéden vezeti az olvasót az alapokon és olyan gyakorlati példákon keresztül, amelyek segítenek az olvasót, hogy bevonja a Python-t kutatási tevékenységébe. Habozás nélkül ajánlom értékes oktatási segédeszközként, vagy azoknak, akik szívesen bővítik látókörüket a bioinformatika felé."
David Ascher, Cambridge-i Egyetem

"A Python a tudományos számítástechnikában, különösen a biológiában rendkívül fontos programozási és szkriptnyelvvé vált. A főbb, széles körben használt szoftvercsomagok a Pythont használják, és hatékony funkciókat kínáló könyvtárak állnak rendelkezésre. Sok, ha nem a legtöbb biológia kutatási projekt hasznot húz Számítási technikák. Bár hihetetlenül egyszerű kis szkripteket írni Pythonban, a programozásban kezdők számára az első lépések ijesztőnek tűnhetnek. Sok más Python-könyvvel ellentétben ez a könyv kifejezetten olyan közönségnek szól, akinek kevés vagy egyáltalán nincs programozási tapasztalat. A Python programozásba való lépésről lépésre történő bevezetés után konkrét példákat ír le a biológia különböző területeiről, kódpéldákkal az adatelemzéstől a modellezésig. [Ez] rendkívül értékes adalék a Pythonról szóló irodalomhoz, és minden biológusnak ajánlott, aki érdeklődik a számítógépek kutatása során történő alkalmazása iránt."
Michael Nilges, Pasteur Intézet, Franciaország

"[Stevens és Boucher] megértette a könyv célközönségének (elsősorban a minimális programozási tapasztalattal rendelkező tudósok) igényeit. Pontosan testre szabták a könyvet, hogy megfeleljen azoknak a speciális követelményeknek, amelyek annyira különböznek az arra törekvő diákokétól. Ezt a nehéz célt a tartalom „lebutítása” vagy a Python bármely releváns aspektusának kihagyása nélkül érték el. A könyv egyszerű és átfogó bevezetést nyújt a teljesen kezdőknek, valamint bőven kínál a tapasztaltabb olvasók érdeklődésére. Pontosan erre a munkára van szükség ahhoz, hogy új képzési eseményekre építhessünk."
David Judge, Cambridge-i Egyetem


Bioinformatikai és Számítógépes Biológiai Enciklopédia

Bioinformatikai és Számítógépes Biológiai Enciklopédia: Bioinformatika ABC ötvözi a számítástechnika, az informatika, a matematika, a statisztika és a biotechnológia elemeit, biztosítva a módszertant ill in silico megoldások a biológiai adatok és folyamatok bányászatára. A könyv az elméletet, a témákat és az alkalmazásokat tárgyalja, különös tekintettel az integráló-omikára és a rendszerbiológiára. A BCB elméleti, módszertani alapjait, beleértve a filogenétát, tárgyaljuk, valamint az aktuálisabb fókuszterületeket, mint például a transzlációs bioinformatika, cheminformatika és környezetinformatika. Végül az Alkalmazások útmutatást adnak a gyakran feltett kérdésekhez.

Ez a jelentős referenciamunka a szakterület vezetői által készített alapvető és élvonalbeli módszereket öleli fel, felbecsülhetetlen értékű forrást biztosítva a hallgatóknak, tudósoknak, kutatóintézetekben dolgozó szakembereknek, valamint a biotechnológia, valamint az orvosbiológiai és gyógyszeripar kutatóinak széles köre számára.

Bioinformatikai és Számítógépes Biológiai Enciklopédia: Bioinformatika ABC ötvözi a számítástechnika, az informatika, a matematika, a statisztika és a biotechnológia elemeit, biztosítva a módszertant ill in silico megoldások a biológiai adatok és folyamatok bányászatára. A könyv az elméletet, a témákat és az alkalmazásokat tárgyalja, különös tekintettel az integráló-omikára és a rendszerbiológiára. A BCB elméleti, módszertani alapjait, beleértve a filogenétát, tárgyaljuk, valamint az aktuálisabb fókuszterületeket, mint például a transzlációs bioinformatika, cheminformatika és környezetinformatika. Végül az Alkalmazások útmutatást adnak a gyakran feltett kérdésekhez.

Ez a jelentős referenciamunka a szakterület vezetői által készített alapvető és élvonalbeli módszereket öleli fel, felbecsülhetetlen értékű forrást biztosítva a hallgatóknak, tudósoknak, kutatóintézetekben dolgozó szakembereknek, valamint a biotechnológia, valamint az orvosbiológiai és gyógyszeripar kutatóinak széles köre számára.


Bioinformatika a biológiához: az adatoktól az eredményekig

Számos előadás tükrözte azt a tendenciát, hogy a bioinformatikai vizsgálatok az innovatív módszerek mellett új biológiai eredményeket is tartalmaznak. Ez tükrözi a bioinformatikai közösség általános tendenciáját, amint azt a közelmúltban megjelent PLoS számítási biológia, amely a számítási módszerek biológiai eredményeit hangsúlyozza, mint az International Society for Computational Biology (ISCB) hivatalos lapja. A számítástechnikai módszerek specifikus biológiai problémák megoldására való felhasználását kiemelték az olyan beszélgetések, mint például Yoonsoo Hahn (National Cancer Institute, Bethesda, USA), aki leírta az emberi és a befejezetlen csimpánz genomszekvenciák összehasonlító elemzésének használatát a potenciális ember azonosítására. -specifikus frameshift mutációk, amelyek az ember és a csimpánz eltérése után következtek be. Pavel Pevsner (University of California, San Diego, USA) új bizonyítékokat mutatott be az emlős genomokban előforduló átrendeződési hot-spotokra vonatkozóan, alátámasztva a kromoszóma evolúciójának azt a modelljét, amelyben az átrendeződési töréspontok sokkal nagyobb valószínűséggel fordulnak elő a kromoszómák viszonylag rövid, törékeny területein. A génszabályozás területén Wei Li (Dana-Farber Cancer Institute és Harvard School of Public Health, Boston, USA) egy új, rejtett Markov-modelleken (HMM) alapuló módszerről számolt be kromatin immunprecipitációs-microarray kísérletek (ChIP-chip) elemzésére. a csempézett tömbökön alapul, és a p53 transzkripciós faktor kötőhelyeinek azonosítására való felhasználása.

A bioinformatika és a biológia szorosabb integrációja olyan módszerekben is megmutatkozik, amelyek az ismert biológiai információkat beépítik a bioinformatikai elemzésekbe. Az egyik ilyen megközelítést Jill Mesirov (Broad Institute és Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, USA) kiemelt előadásában emelte ki. Leírta a kurált adatbázisokból származó biológiai információk felhasználását az azonos vagy kapcsolódó folyamatokban részt vevő géncsoportok meghatározására. Csoportja (a munkatársakkal együtt) ezután egy általuk kifejlesztett „génkészlet-dúsítási analízis” módszerrel, amely kísérleti és számítási analízist is magában foglal, megvizsgálta e géncsoportok expressziós viselkedését, és azonosította azokat a géneket, amelyek összekapcsolják a testmozgást és az egyszerű sejtek anyagcseréjét. Érdekes módon ezek a gének alacsonyabb szinten fejeződnek ki a 2-es típusú cukorbetegségben szenvedőkben. Az ilyen típusú megközelítések iránti növekvő érdeklődés egyre nagyobb igényt teremtett olyan módszerek iránt, amelyek automatikusan kinyerik az információkat a biológiai irodalomból. Az egyiket Zhenzhen Kou (Carnegie Mellon University, Pittsburgh, USA) írta le, aki egy új tanulási módszerről, a szótárban rejtett Markov-modellekről számolt be a fehérjenevek szótár alapú kinyerésére a biológiai irodalomból.

Satoru Miyano (Human Genome Center, University of Tokyo, Japán) vitaindító előadásában a bioinformatikusok által kifejlesztett fejlett algoritmusok biológiai kutatók számára könnyen hozzáférhetővé tételének kérdésével foglalkozott. Hangsúlyozta, hogy fejlett számítási módszerekre van szükség, hogy olyan felhasználói felületekkel rendelkezzenek, amelyeket a biológusok intuitívan megértenek, és tartalmazzák az eredmények hatékony megjelenítését. Az ilyen felhasználóbarát algoritmus-megvalósításoknak szabadon elérhetőnek kell lenniük letöltésre és használatra. A konferencia számos szoftverbemutatója bebizonyította, hogy a bioinformatikai algoritmusok felhasználóbarát megvalósítása egyre általánosabbá válik, és egyre több ilyen csomag kerül szabadon terjesztésre nyílt forráskódú szoftverként.


Könyvtár

Nature Reviews Genetics A genetikusok és genomikusok számára releváns kutatási kiemeléseket, megjegyzéseket, áttekintéseket és perspektívákat tesz közzé, biztosítva, hogy az általunk közzétett cikkek a lehető legszélesebb közönséghez jussanak el. Az impakt faktorral 40.3 (2016), Nature Reviews Genetics egy sokat idézett idézett, lektorált publikáció a genetika területén.

Természetgenetika Jelenleg hangsúlyt fektet a gyakori és összetett betegségek genetikai alapjára, valamint a génhálózatok funkcionális mechanizmusára, felépítésére és evolúciójára, amelyeket kísérleti perturbációval vizsgálnak. Az impakt faktorral 28 (2016), Természetgenetika egy sokat idézett, lektorált publikáció a genetika területén.

Genombiológia lefedi a biológia és a biomedicina minden genomikus és posztgenomikus szempontból vizsgált területét. Az impakt faktorral 11.9 (2016), Genombiológiaa legmagasabb rangú nyílt hozzáférésű folyóirat a genetika kategóriában.

Genomkutatás Azokra a kutatásokra összpontosít, amelyek új betekintést nyújtanak az összes élőlény genombiológiájába, beleértve a genomikai orvoslás fejlődését is. A folyóirat által tárgyalt témák között szerepel a genom szerkezete és funkciója, az összehasonlító genomika, a molekuláris evolúció, a genomléptékű kvantitatív és populációgenetika, proteomika, epigenomika és rendszerbiológia. Az impakt faktorral 11.9 (2016), Genomkutatás olyan kutatási cikkekre vagy módszerekre és forrásjelentésekre összpontosít, amelyek új információkat nyújtanak olyan technológiákról vagy eszközökről, amelyek széles olvasóközönség számára érdekesek lesznek.

Trendek a genetikában olyan új területeket ölel fel, mint a genomika, epigenetika és számítógépes genetika, miközben továbbra is olyan hagyományos témákat fed le, mint a transzkripciós szabályozás, a populációgenetika és a kromoszómabiológia. Az impakt faktorral 11.8 (2016), Trendek a genetikában kiváló minőségű, újszerű áttekintéseket, kommentárokat és vitákat biztosít a kutatóknak és a hallgatóknak, és mindenekelőtt elősegíti a genetikai kutatás minden területén elért előrelépések elismerését.

Bioinformatika a legmagasabb színvonalú tudományos közleményeket és áttekintő cikkeket publikálja, amelyek érdekesek az akadémiai és ipari kutatók számára. Fő hangsúlya a genom bioinformatika és a számítógépes biológia új fejlesztéseire irányul. Az impakt faktorral 7.3 (2016), Bioinformatika olyan munkára összpontosít, amely jelentősen javítja a genetika megértését.

Genomgyógyászat kutatásokat és áttekintéseket tesz közzé, amelyek fontos előrelépéseket írnak le a genetika, a genomika és a multi-omika alkalmazása terén a betegségek megértésében, diagnosztizálásában és kezelésében. Az impakt faktorral 7.1 (2016), Genomgyógyászat a cikkek szabadon és folyamatosan elérhetővé válnak az interneten a megjelenés után azonnal, előfizetési díjak és regisztrációs akadályok nélkül.

PLoS Genetics cikkeket közöl a gének felfedezéséről és működéséről, populációgenetikáról, genomprojektekről, összehasonlító és funkcionális genomikáról, orvosi genetikáról, betegségbiológiáról, evolúcióról, génexpresszióról, komplex tulajdonságokról, kromoszómabiológiáról és epigenetikáról. Az impakt faktorral 6.1 (2016), PLoS Geneticstükrözi ennek a kutatásnak a teljes terjedelmét és interdiszciplináris jellegét azáltal, hogy a biológia minden területén kiemelkedő eredeti publikációkat tesz közzé.

Jelenlegi vélemény a genetikáról és fejlesztésről célja, hogy ösztönözze a tudományosan megalapozott, interdiszciplináris, többléptékű vitát és eszmecserét. Csiszolt, tömör és időszerű áttekintéseket és véleményeket tartalmaz, különös tekintettel az elmúlt két évben megjelent cikkekre. Az impakt faktorral 5.8 (2016), Jelenlegi vélemény a genetikáról és fejlesztésrőlfelbecsülhetetlen információforrásként szolgál majd kutatók, oktatók, tanárok, szakemberek, politikai döntéshozók és hallgatók számára.


Bioinformatika a biológiához: az adatoktól az eredményekig

Számos előadás tükrözte azt a tendenciát, hogy a bioinformatikai vizsgálatok az innovatív módszerek mellett új biológiai eredményeket is tartalmaznak. Ez tükrözi a bioinformatikai közösség általános tendenciáját, amint azt a közelmúltban megjelent PLoS számítási biológia, amely a számítási módszerek biológiai eredményeit hangsúlyozza, mint az International Society for Computational Biology (ISCB) hivatalos lapja. A számítástechnikai módszerek specifikus biológiai problémák megoldására való felhasználását kiemelték az olyan előadások, mint például Yoonsoo Hahn (National Cancer Institute, Bethesda, USA), aki leírta az emberi és a befejezetlen csimpánz genomszekvenciák összehasonlító elemzésének alkalmazását a potenciális ember azonosítására. -specifikus frameshift mutációk, amelyek az ember és a csimpánz eltérése után következtek be. Pavel Pevsner (University of California, San Diego, USA) új bizonyítékokat mutatott be az emlős genomokban előforduló átrendeződési hot-spotokra vonatkozóan, alátámasztva a kromoszóma evolúciójának azt a modelljét, amelyben az átrendeződési töréspontok sokkal nagyobb valószínűséggel fordulnak elő a kromoszómák viszonylag rövid, törékeny területein. A génszabályozás területén Wei Li (Dana-Farber Cancer Institute és Harvard School of Public Health, Boston, USA) egy új, rejtett Markov-modelleken (HMM) alapuló módszerről számolt be kromatin immunprecipitációs-microarray kísérletek (ChIP-chip) elemzésére. a csempézett tömbökön alapul, és a p53 transzkripciós faktor kötőhelyeinek azonosítására való felhasználása.

A bioinformatika és a biológia szorosabb integrációja olyan módszerekben is megmutatkozik, amelyek az ismert biológiai információkat beépítik a bioinformatikai elemzésekbe. Az egyik ilyen megközelítést Jill Mesirov (Broad Institute és Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, USA) kiemelt előadásában emelte ki. Leírta a kurált adatbázisokból származó biológiai információk felhasználását az azonos vagy kapcsolódó folyamatokban részt vevő géncsoportok meghatározására. Csoportja (a munkatársakkal együtt) ezután egy általuk kifejlesztett „génkészlet-dúsító analízis” módszerrel, amely kísérleti és számítási elemzést is magában foglal, megvizsgálta e géncsoportok expressziós viselkedését, és azonosította azokat a géneket, amelyek összekapcsolják a testmozgást és az egyszerű sejtek anyagcseréjét. Érdekes módon ezek a gének alacsonyabb szinten fejeződnek ki a 2-es típusú cukorbetegségben szenvedőkben. Az ilyen típusú megközelítések iránti növekvő érdeklődés egyre nagyobb igényt teremtett olyan módszerek iránt, amelyek automatikusan kinyerik az információkat a biológiai irodalomból. Az egyiket Zhenzhen Kou (Carnegie Mellon University, Pittsburgh, USA) írta le, aki egy új tanulási módszerről, a szótárban rejtett Markov-modellekről számolt be a fehérjenevek szótár alapú kinyerésére a biológiai irodalomból.

Satoru Miyano (Human Genome Center, University of Tokyo, Japán) vitaindító előadásában a bioinformatikusok által kifejlesztett fejlett algoritmusok biológiai kutatók számára könnyen hozzáférhetővé tételének kérdésével foglalkozott. Hangsúlyozta, hogy fejlett számítási módszerekre van szükség, hogy olyan felhasználói felületekkel rendelkezzenek, amelyeket a biológusok intuitívan megértenek, és tartalmazzák az eredmények hatékony megjelenítését. Az ilyen felhasználóbarát algoritmus-megvalósításoknak szabadon elérhetőnek kell lenniük letöltésre és használatra. A konferencia számos szoftverbemutatója bebizonyította, hogy a bioinformatikai algoritmusok felhasználóbarát megvalósítása egyre általánosabbá válik, és egyre több ilyen csomag kerül szabadon terjesztésre nyílt forráskódú szoftverként.


A legkelendőbb bevezető a bioinformatikába és a funkcionális genomikába – most frissített kiadásban

Előző kiadásában széles körben fogadták, Bioinformatika és funkcionális genomika a legszélesebb körű bevezetést kínálja ehhez a kirobbanó új tudományághoz. Most egy alaposan frissített és kibővített második kiadásban továbbra is az orvosbiológiai kutatásban részt vevő hallgatók és szakemberek számára elérhető forrás.

Ez a kiadás a bioinformatika és a genomika területéről nyújt naprakész tájékoztatást. A kiadás újdonságai a következők:

Számos alapvetően fontos fehérje, például globinok, hisztonok, inzulin és albuminok szerepelnek benne, hogy jobban bemutassák a bioinformatikai eszközök alkalmazását alapvető biológiai kérdésekben.

Egy teljesen frissített társwebhely, amely frissülni fog, amint új információk válnak elérhetővé – látogasson el a www.wiley.com/go/pevsnerbioinformatics oldalra

Az életfán ​​átívelő genomszekvenálási projektek leírása.

Erősebb összpontosítás arra, hogyan használják a bioinformatikai eszközöket az emberi betegségek megértésére.

A könyvet pazar illusztrációk és több mint 500 ábra és táblázat egészíti ki – ezek közül ötven teljesen új ebben a kiadásban. Minden fejezet tartalmaz egy feladatgyűjteményt, buktatókat, dobozokat, amelyek elmagyarázzák a kulcsfontosságú technikákat és a matematikai/statisztikai elveket, összefoglalót, ajánlott olvasmányokat és egy listát a szabadon elérhető szoftverekről. Az olvasók felkereshetnek egy kapcsolódó weboldalt további információkért a www.wiley.com/go/pevsnerbioinformatics címen.

Bioinformatika és funkcionális genomika, második kiadás kiváló egyforrású tankönyvként szolgál a biológiai tudományok és számítástechnika felsőfokú alapképzési és kezdő posztgraduális képzései számára. Ugyancsak nélkülözhetetlen forrás a különféle tudományterületeken dolgozó biológusok számára, akik a bioinformatika és genomika eszközeit használják bizonyos kutatási problémák tanulmányozására, bioinformatikusok és informatikusok, akik számítógépes algoritmusokat és adatbázisokat fejlesztenek, valamint orvoskutatók és klinikusok, akik meg akarják érteni a genomikai alapokat. vírusos, bakteriális, parazita vagy egyéb betegségek.

Dicséret az első kiadásért:

". ideális mind a biológusok számára, akik szeretnék elsajátítani a bioinformatika valós problémákra való alkalmazását, valamint azoknak az informatikusoknak, akiknek meg kell érteniük az algoritmusokat motiváló biológiai kérdéseket." Negyedéves Biológia Szemle

". kiváló tankönyv végzős hallgatók és felsőfokú alapképzési hallgatók számára." Annals of Medicinal Engineering

". erősen ajánlott tudományos és orvosi könyvtárak, valamint kutatók számára bevezetésként és referenciaként." E-folyamok


Nézd meg a videót: Egy kalandos történelmi életút: háború, kényszermunka, forradalom, emigráció (Augusztus 2022).